대한조혈모세포이식학회는 1996년 설립 이전 한국골수이식연구회의 명칭으로 1991년 2월 6일에 처음 16명의 연구회원으로 학술회의를 시작한 이래 매월 월례 집담회를 개최하여 회원들간의 귀중한 임상경험을 발표 교환하여 국내 골수이식술의 발전에 기여하였고 1992년 10월부터 시행된 골수이식의 의료보험 급여 개시에 주도적 역할을 수행하였다.
이 후 골수이식 시행병원의 증가와 연구회 회원의 비약적 증가 그리고 새로운 학문분야를 널리 알릴 효과적인 대외 창구로서의 학회의 필요성이 대두되었고 이에 1996년 봄에 약 130여명의 회원의 뜻을 모아 대한조혈모세포이식학회로 발족하게 되었다.